SMA Wijaya Putra Sains mempersiapkan secara matang lulusan yang mampu untuk mengikuti jenjang pendidikan selanjutnya dengan memberikan program pendidikan yang mendukung tumbuhkembang para peserta didik sehingga menghasilkan lulusan yang berbudi pekerti luhur, dan terampil dalam beradaptasi dengan lingkungan sosial dan budaya tanpa mengurangi nilai dan moral. Keunggulan yang diberikan antara lain:

Pendidikan Budi Pekerti.

Pendidikan ini adalah suatu proses, oleh karena itu Pendidikan ini tidak mungkin dilaksanakan dalam waktu yang singkat, harus dilakukan secara berkelanjutan dan terintegrasi dengan mata pelajaran, secara terpadu melibatkan semua komponen masyarakat sekolah dan dikoordinasikan oleh Pusat Pendidikan Budi Pekerti. Dengan pelaksanaan pendidikan budi pekerti tersebut, agar dalam diri peserta didik terinternalisasi sikap dan perilaku dapat dipercaya, bertanggungjawab, menghormati sesama, memiliki kepedulian yang tinggi, sportif serta dapat menjadi Warga Negara yang baik.

Sains berbasis TTG (Teknologi Tepat Guna).

Sains merupakan keilmuan dasar  yang terus tumbuh dan berkembang seiring perubahan zaman dan tak pernah lepas dari kehidupan. Penguasaan konsep sains secara komprehensip sangat penting bagi peserta didik untuk persiapan di jenjang pendidikan selanjutnya. Konsep TTG ini merupakan pengembangan local dari Kompetensi yang ada di setiap pelajaran sains, dimana dalam konsep TTG ini dibagi dalam 3 Cluster (Cluster Energy Engineering, cluster Food and analist Process, dan Cluster Environment Engineering) . Melalui metode analisa dan konsep berfikir yang terintegrasi disetiap mata pelajaran yang diberikan di tingkat SMA diharapkan peserta didik bisa mengembangkan keilmuannya yang dimiliki (conceptual world) kedalam dunia nyata secara nyata (empirical world). Diharapkan dengan konsep ini tercipta aneka produk yang berbasis Teknologi Ramah Lingkungan dengan memanfaatkan potensi yang ada secara optimal sehingga pembelajaran sains akan lebih bersifat aplikatif dan bermanfaat dalam kehidupan sehari-hari.

Sosial sains

Implementasi kurikulum llmu social mencakup kesesuaian dengan visi dan misi sekolah, relevansi dengan tuntutan dan kebutuhan stakeholders, kompetensi yang diharapkan, derajat integrasi materi pembelajaran dan kurikulum institusional (local) yang sesuai dengan keebutuhan masyarakat. Melalui Pengamatan dan proses berfikir yang lebih kritis terhadap permasalahan social yang muncul Program Sosial Sains ini juga mengarah ke Pengembangan Teknologi Tepat Guna (TTG) terutama aplikasinya di tengah masyarakat dalam hal Pelestarian Local Wisdom dan sarana yang mendukung kearah sana.

 Matematika

Sebagai keilmuan yang paling dasar tentunya dibutuhkan banyak kemampuan untuk memahaminya tidak hanya konsep hafalan namun juga penalaran. Hal ini sering menjadikan keilmuan ini sulit dipahami. Melalui metode pembelajaran interaktif yang diterapkan di SMA Wijaya Putra menjadikan mata pelajaran ini lebih menarik untuk dikuasai. Yakni menjembatani rumus yang ada dengan aplikasi sederhana di dunia nyata.

Bahasa Inggris

Pelajaran bahasa Inggris di SMA Wijaya Putra menggunakan kurikulum dari Pemerintah serta untuk menyongsong masyarakat ekonomi Eropa (MEA) dengan fokus pengembangan materi convoursation yang disajikan dalam bentuk tematik.

Academic and Non-Academic.

SMA Wijaya Putra peduli dengan setiap kendala yang dialami peserta didik baik secara akademik dan non akademik melalui berbagai kegiatan sekolah demi menunjang perkembangan anak.

Guru Pendamping.

SMA Wijaya Putra menyediakan waktu khusus konsultasi bagi orang tua murid dengan wali kelas dan guru pendamping masing-masing untuk memantau tumbuh kembang pendidikan putra/i-nya di sekolah.

Kurikulum,

Mengacu pada Kurikulum Nasional dan dikembangkan sesuai dengan Vsi,Misi ,tujuan dan ciri khas satuan pendidikan, SMA Wijaya Putra menyajikan metode pembelajaran Student Centered Learning (SCL), dengan berbagai pengembangan diantaranya adalah menerapkan, Sekolah modern, Pendidikan Budi Pekerti , Applied Sciences , Life skill danTechnopreneur. Tujuan pendidikan di tingkat SMA difokuskan untuk menghasilkan siswa yang mempunyai karakter, kecakapan dan keterampilan yang berbasis pada  pendidikan budi pekerti untuk beradaptasi dengan lingkungan sosial, budaya dan alam sekitarnya serta mengembangkan kemampuan ke jenjang pendidikan selanjutnya. Muatan Kurikulum Nasional meliputi mata pelajaran yang keluasaan dan kedalamannya merupakan beban belajar bagi peserta didik pada satuan pendidik dasar dan menengah, meliputi :

1. Mata pelajaran wajib, yang dikonsepkan oleh pemerintah dalam satuan pendidikan.
2. Muatan local, dikembangkan dengan melihat potensi yang dimiliki, dan merupakan kegiatan kurikuler untuk mengembangkan kompetensi siswa khususnya dibidang Sains dan Social sains yang mengarah ke Technopreneur, sebagai muatan lokal untuk satuan pendidikan dasar dan menengah. Mata pelajaran muatan lokal tersebut wajib diambil siswa sesuai dengan yang telah diprogramkan oleh sekolah.
3. Pengembangan diri, bertujuan untuk memberikan kesempatan kepada siswa untuk mengembangkan dan mengekspresikan diri sesuai dengan kebutuhan, bakat dan minat peserta didik.Pengembangan diri di tingkat satuan pendidikan adalah Pendampingan Siswa, Family Concelling, Bimbingan Konseling, dan Ekstrakurikuler.